道光二十六年（公元1846年）九月，年過七旬的泗州人楊殿邦由侍郎外放，出任位于淮安府的漕運總督，管理江蘇、山東、安徽等八省漕政，屬下文官武將達270多人，還下轄倉儲、造船、衛(wèi)漕兵丁2萬多人，可謂位高權(quán)重。

可貴的是，楊殿邦擔(dān)任漕運總督六年多，能體諒造船、運輸工人的難處，對出事故的工人從寬處理，并妥善解決生活問題。而他對各級官員則紀律嚴明。如江蘇武進縣知縣陳嘉勛、丹徒縣知縣張元揆、寶山縣知縣劉果等官員都因收糧、治河不力被楊殿邦彈劾，后被革去官職；大河二幫千總王澤兼管回空事務(wù)，擅自離船，聽任水手停泊，回淮后又不銷差，被楊殿邦革職；泗州衛(wèi)守備王元桂因管束兵丁不嚴，被楊殿邦革職勒休。對于高級官員，楊殿邦奏參也是不講情面的。道光二十九年（1849年）十一月，他奏參淮揚道道臺查文經(jīng)，查文經(jīng)被革職；參奏河道總督楊以增督辦不力，楊以增被摘去頂戴。

楊殿邦不顧年老體邁，不辭勞苦地經(jīng)常親臨運河，督查、指揮漕運，還整頓漕運，重新制定《漕兌運事宜章程》。除了漕運，楊殿邦還兼管治安，尤其是海盜案件。道光二十七年（1847年）十一月二十日，楊殿邦呈報《為陳近日洋面不靖事片》。道光二十八年（1848年）二月甲子，楊殿邦奏拏獲洋盜。二月底，楊殿邦奏報發(fā)現(xiàn)夷船沿江直上江寧，立即上報。當時，海運漕糧試驗成功，朝野發(fā)生了一場“海運與河運爭議”，許多官員提出廢除河運，楊殿邦提出異議，并不反對海運，主要是考慮到數(shù)十萬依賴漕運生活的船工、運丁會因此失去工作，運河沿線為漕運服務(wù)的千百萬百姓失去生活路子，會影響社會安定。最后，朝廷會商結(jié)果是河運、海運并舉�？紤]到一大批因海運而失業(yè)的漕工，楊殿邦連上奏章，要求江南各州縣出資金妥善遣散幫船水手，以免這些失業(yè)水手鬧事，這些措施暫時保障了這一大批人的生活。督運漕糧是個有風(fēng)險的苦差事，因風(fēng)霜雨雪等氣候原因，漕糧運輸有時延遲，就要受到處分。咸豐二年（1852年）八月丁亥，因遲誤漕糧，漕運總督楊殿邦被降三級留任，并摘去頂戴，這樣的處分不止一次，常常是戴罪立功，爭取早日撤銷處分。

咸豐三年（1853年）二月十一日，太平軍占領(lǐng)南京，兩江總督陸建瀛、江寧將軍祥厚、副都統(tǒng)霍隆武等被斬首，江蘇巡撫楊文定逃走。朝野震驚，人心惶惶。八十一歲老翁楊殿邦成為在蘇級別最高的官員，朝廷令他帶兵上戰(zhàn)場。二月二十二日，楊殿邦帶領(lǐng)數(shù)百人前往瓜洲，防止太平軍過江攻打揚州。得知數(shù)萬太平軍已經(jīng)攻占鎮(zhèn)江，料定寡不敵眾，無力回天，于是他連夜率兵離開瓜洲，不顧兵臨城下的揚州城，自行往淮安方向撤退。揚州城的官員、士紳知道無法抵御太平軍的進攻，于是籌集重金奉獻太平軍，與太平軍達成協(xié)議，太平軍承諾和平進入揚州城，不殺一人。二月二十三日，太平軍走進城門大開的揚州城，揚州府的文武官員早已逃得無影無蹤。揚州城避免了南京城那樣數(shù)萬人人頭落地的大屠殺，客觀上保護了一大批軍民的性命，但統(tǒng)治階級不愿看到這樣的結(jié)局。咸豐帝得悉揚州城兵不血刃落入太平軍之手，龍顏大怒，立即降旨：江蘇巡撫楊文定革職、判極刑；漕運總督楊殿邦革職，充軍發(fā)配新疆；揚州府、縣官員一律撤職嚴辦。此后，咸豐帝又連下三道圣旨：立即將楊殿邦送往新疆服勞役，不得以任何借口拖延。

楊殿邦，翰林出身，長期在朝中任要職，多次出任鄉(xiāng)試、會試主考官，門生故舊眾多。朝中有吏部尚書、協(xié)辦大學(xué)士周祖培及上書房總師傅、武英殿大學(xué)士賈楨；地方上有安徽巡撫福濟、清河知縣吳棠等人，這些弟子、老友以種種借口搪塞、糊弄咸豐帝，拖延達四年之久，最終不了了之。最后，咸豐帝同意留楊殿邦在軍中戴罪立功，還給了一個安徽幫辦團練大臣的官職。楊殿邦親自到廬州、鳳陽、泗州、六安等地勸捐，得到大筆資金，鑄造虎蹲大炮二十余尊，立下大功。咸豐九年（1859年）九月初，楊殿邦因積勞成疾，病逝于軍營中。官至貴州按察使的弟子鮑桂生聞訃十分悲傷，作《哭楊疊云師》，共四首。其中第二首云：“無端白下鼓鼙喧，瓜步倉皇詎忍言。畢竟中流誰砥柱，淮南雞犬感公恩。”意思是，太平天國占領(lǐng)南京，楊殿邦撤離瓜洲是迫不得已的事，他不是武將，不應(yīng)承擔(dān)中流砥柱的角色；他棄守瓜州、揚州，實際上是救了揚州百姓，揚州的雞犬都應(yīng)該感恩戴德才是。為報答師恩，鮑桂生曾把楊殿邦的《菜香小圃館課詩》作詳注、寫跋，出資刻印出版，今存。

咸豐帝得報也十分傷心，頒發(fā)恩旨：“已革漕運總督楊殿邦在安徽辦理團練，積勞身故，賞給道銜，照道員例賜恤”。楊殿邦以道員的身份體面地安葬于淮安城東楊家花園內(nèi)，兒孫得到特殊蔭庇，后來名宦輩出，他的事跡載入《清史列傳》，流芳后世。